মো. সাহাবুদ্দিন রাষ্ট্রপতি হওয়ার সময় থেকেই বিতর্কের মুখে পড়েছিলেন। আওয়ামী লীগের ভেতরে তার মনোনয়ন নিয়ে যেমন বিতর্ক ছিল, তেমনি তার কর্মজীবনের বিভিন্ন কর্মকাণ্ড নিয়েও সমালোচনা হয়েছিল। তৎকালীন প্রধানমন্ত্রী শেখ হাসিনাকে কদমবুসি করার কথা গণমাধ্যমে প্রকাশ করায় তিনি নগ্ন চাটুকারিতার অভিযোগে সমালোচিত হয়েছিলেন। এভাবেই বিতর্কের মধ্য দিয়ে তার সাংবিধানিক যাত্রা শুরু হয়।
২০২৩ সালের এপ্রিলে বিনা প্রতিদ্বন্দ্বিতায় রাষ্ট্রপতি হিসেবে দায়িত্ব গ্রহণের পর তার মেয়াদকালে বিভিন্ন বক্তব্য, শেখ হাসিনার সঙ্গে সম্পর্ক, জুলাই গণ-অভ্যুত্থান পরবর্তী ভূমিকা এবং শেখ হাসিনার পদত্যাগপত্র নিয়ে পরস্পরবিরোধী বক্তব্য তাকে বারবার বিতর্কের কেন্দ্রে নিয়ে আসে। সবশেষ শুক্রবার তিনি শারীরিক অসুস্থতার কারণ দেখিয়ে স্পিকারের কাছে পদত্যাগপত্র জমা দেন। পদত্যাগপত্রে তিনি হৃদরোগ, উচ্চ রক্তচাপ, ডায়াবেটিস ও কিডনি জটিলতার কথা উল্লেখ করেছেন। তবে রাজনৈতিক বিশ্লেষকদের অনেকের মতে, শুধু শারীরিক অসুস্থতা নয়, দীর্ঘদিনের রাজনৈতিক বিতর্ক ও ক্রমবর্ধমান চাপের কারণেই তিনি এই সিদ্ধান্ত নিতে বাধ্য হয়েছেন।
জুলাই-আগস্টের গণ-অভ্যুত্থানের পর সরকার পরিবর্তনের প্রক্রিয়ায় রাষ্ট্রপতির ভূমিকা নিয়ে নতুন করে বিতর্ক তৈরি হয়। বিশেষ করে শেখ হাসিনার পদত্যাগপত্র প্রসঙ্গে তিনি প্রথমে পদত্যাগপত্র গ্রহণ করেছেন বলে জাতির উদ্দেশে ভাষণে জানালেও, পরবর্তীতে সাক্ষাৎকারে বলেন যে তার কাছে পদত্যাগপত্রের কোনো প্রামাণ্য কপি নেই। আইন উপদেষ্টা আসিফ নজরুলসহ অন্তর্বর্তীকালীন সরকার তার এই বক্তব্যকে অসত্য বলে মন্তব্য করেছিল, যা তার সাংবিধানিক অবস্থান নিয়ে প্রশ্ন তোলে।
দায়িত্ব পালনকালে বিভিন্ন গণমাধ্যমে দেওয়া সাক্ষাৎকার এবং সংসদে দেওয়া ভাষণ নিয়েও তিনি ব্যাপক সমালোচনার সম্মুখীন হন। আওয়ামী লীগের রাষ্ট্রপতি হয়েও দলের নেতাকর্মীদের বিব্রত করার মতো বক্তব্য দেওয়ায় নানা মহলে তার সমালোচনা হয়। ত্রয়োদশ জাতীয় সংসদের প্রথম অধিবেশনে তার ভাষণের সময় বিরোধী দলের সদস্যরা ওয়াকআউটও করেছিলেন। রাজনৈতিক বিশ্লেষকদের মতে, তার পুরো মেয়াদজুড়েই সাংবিধানিক নিরপেক্ষতা বজায় রাখা নিয়ে প্রশ্ন ছিল। যদিও তার সমর্থকদের দাবি, তিনি সংবিধান অনুযায়ী সংকটময় সময়ে দায়িত্ব পালনের চেষ্টা করেছেন। সবশেষে বিএনপি, জামায়াতে ইসলামী ও এনসিপিসহ বিভিন্ন দলের দাবির মুখে তার বিদায়টি বিতর্কের মাধ্যমেই সম্পন্ন হলো।
জুলাই গণ-অভ্যুত্থান ও নতুন বিতর্ক : ২০২৪ সালের জুলাই-আগস্টের ছাত্র-জনতার অভ্যুত্থানের মধ্য দিয়ে আওয়ামী লীগ সরকারের পতনের পর রাষ্ট্রপতি হিসাবে মো. সাহাবুদ্দিনের ভূমিকা নতুন করে আলোচনায় আসে। সরকার পরিবর্তনের সাংবিধানিক প্রক্রিয়া সম্পন্ন করা, সংসদ ভেঙে দেওয়া এবং অন্তর্বর্তীকালীন ব্যবস্থার পথ তৈরি করার ক্ষেত্রে সবকিছু করেন
শেখ হাসিনার পদত্যাগপত্র বিতর্ক : গণমাধ্যমে সাক্ষাৎকারে সবচেয়ে বড় বিতর্ক তৈরি হয় শেখ হাসিনার পদত্যাগপত্র প্রসঙ্গে তার বক্তব্যকে ঘিরে। ৫ আগস্ট জাতির উদ্দেশে ভাষণে তিনি বলেছিলেন, প্রধানমন্ত্রী শেখ হাসিনা পদত্যাগপত্র জমা দিয়েছেন এবং তিনি তা গ্রহণ করেছেন। কিন্তু পরে এক সাক্ষাৎকারে তিনি বলেন, শেখ হাসিনার পদত্যাগের কোনো প্রাম